아마 데이터를 원본 그대로 사용하시는 듯 하네요. 공간회귀분석은 두가지로 데이터를 인식하는데 하나는 Queen 방식과 다른 하나는 Rook  방식입니다. 두 방식 모두 인접한 상태에서 분석합니다. 예를 들면 사각형의 경우 각 사각형의 4면 또는 모든 면이이 인접되어있어야 합니다. 따라서 섬을 제외하셔야 할 것 같습니다.

그럼 GeoDa에서 공간회귀분석이 가능합니다. GeoDa Space도 같은 방식으로 됩니다. 

님께서 하신 방식은 집계구를 기준으로 하셔서 그런것 같아요. 집계구에서 각 섬은 모두 별도로 떨어져 있어서 나타나는 현상일겁니다.