다양한 행정동 좌표계를 써봤다는게 무슨 말인지 모르겠지만, 일단 설명하자면

행정동 파일이 Undefine 자료네요.

좌표계 비교해보니 [Korean 1985 Modified Korea Central Belt] 로 define 하시면 되구요.

위에 말씀드린 좌표계로 define 하신 후에 Base map에 맞는 좌표계로 project 하여 사용하시면 될 것 같습니다.

(Base map은 파일이 없어서 잘은 모르겠지만, [Korea 2000 Korea Central Belt 2010] 사용하는 것 같네요.)

해당 좌표계 속성은 첨부파일 참조하시면 될 것 같아요.

http://gis.seoul.go.kr/Edu_Center/Gis_Edu.jsp?tr_code=top_menu04#06.%EC%84%B8%EA%B3%84%EC%B8%A1%EC%A7%80%EA%B3%84%20%EA%B0%9C%EC%9A%94

서울시에서 제공하는 GIS 강의 자료 입니다.

측지 체계 부터 좌표계에 대한 개념 설명이 잘 되어 있습니다.

한 번 공부하고 나면 좌표 정의에 대한 작업에 도움이 될 것 같아 올려봅니다.